高床和垄式作业区，可由灌溉渠把水引入步道或垄沟里，水从侧面渗入床内或垄中。其优点是灌溉后土壤仍具有良好的通气性，可以减少松土的次数，也比较省工，但耗水量太大，苗床宽的会产生灌水不均的现象。
低床或大田式育苗区，可由灌溉渠把水直接引入低床或畦面，水布满床面或畦面而逐渐深入土壤之中，这是漫灌。此法灌水时比较方便，但应注意水流速度要慢，以免冲倒或淹没苗木。灌溉后土壤易板结，通气不良，要增加松土次数,比较费工。
喷灌一般适用于大苗灌溉，滴灌适用于苗床灌溉，都是比较先进的灌溉方式。
降雨或大量灌溉后应及时排除地面积水，苗圃地不应有积水，否则会降低土壤有机质的分解速度，破坏苗木根系的正常呼吸，常引起根系腐烂甚至死亡。
