一本二本三本的区别是：是入取批次不同，一本为第一批次、二本为第二批次、三本为第三批次。收取的学费不同，一本、二本相对稍少一些，但一些转设二本学费也相对稍高一些，三本院校学费相对也稍高一些。一本是“公办范畴”的；二本大多数是“公办范畴”的，但有极少数也属于“民办范畴”的；三本：主要是指“独立学院本科院校”等，是“公办民助范畴”的。
一本二本三本在录取分数、录取批次、所享受的教育资源以及就业优势等方面有着明显的不同。一般来说，一本是省属重点、省部共建高校，享受来自各方面的照顾，师资力量和科研实力雄厚都好于二本和三本。
一本指的是重点本科院校，一般指的是985、211院校，大部分是省属重点、省部共建高校，享受来自各方面的照顾，师资力量和科研实力雄厚。二本是普通本科院校，一般都是地方性高校。三本院校基本基于民营资本，民办大学。
严格来说，一本二本三本属于“伪造”概念，属于约定俗成的民间说法，不是学历概念，仅仅是录取批次的缩写。学历指大专、本科、研究生，也可以指学士、硕士、博士（其实这是学位概念，只不过绝大部分人不在意），不是指一本二本三本。理论上说，一本二本三本只是录取批次的区别，三者都是本科，985，211也是一本范畴（因为也是本科第一批次录取），学历概念上没区别，都是本科。就像清华北大和山东英才学院都是本科学历一样，这个角度上没有区别，但含金量大大不同。
