杭港地铁和杭州地铁的区别为公司类型不同、经营内容不同、运营机构不同。
1、公司类型不同：杭州市地铁集团有限责任公司，是杭州市政府直属企业，由杭州市人民政府出资组建，实行地铁建设、运营、管理一体化管理模式。杭州杭港地铁是杭州市杭州地铁集团有限责任公司，和香港知名上市公司，即香港铁路有限公司，在杭州共同创建的企业。其性质为中外合资。
2、经营内容不同：杭州地铁负责杭州市轨道交通建设、营运与管理，房屋拆迁服务（凭资质经营），货物及技术进出口（法律、行政法规禁止的项目除外，法律、行政法规限制的项目取得许可后方可经营），建筑工程机械与设备租赁；房屋出租，国内广告设计、制作、代理、发布等。杭港地铁根据《特许协议》，投资、建设杭州地铁一号线B部分项目设施，及经营、管理、维护一号线项目设施。提供城市快速轨道交通客运服务。在杭州地铁一号线项目空间范围开展零售商铺等经营性空间出租及其它配套服务；设计、制作、代理、发布国内广告。
3、运营机构不同：杭州市地铁集团有限责任公司，负责运营2条线路分别为杭州地铁2号线、杭州地铁4号线。杭州杭港地铁有限公司，负责运营1条线路为杭州地铁1号线。
